Арестована 4 марта 2012 г. по подозрению в организации панк-молебна в Соборе Христа-Спасителя в Москве, прошедшего 21 февраля 2012 г. 17 августа 2012 г. признана виновной в хулиганстве и приговорена к 2 годам лишения свободы. Хронология по делу здесь.
23 ноября 2012 г. была помещена в одиночную камеру, после того, как она написала заявление об угрозах физической расправы со стороны других заключенных с просьбой поместить ее в безопасное место. Вернулась в отряд она только 25 апреля 2013 г. Алехина объявила голодовку 22 мая 2013 г. в знак протеста против того, что ей не дали присутствовать на заседании по условно-досрочному освобождению. 1 июня она прекратила голодовку, т.к. администрация колонии согласилась выполнить ее требования. В августе 2013 г. Мария была этапирована в ИК-2 в Нижегородской области.